Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Bone mempunyai sejarah tersendiri yang diawali dari berdirinya Universitas Islam Raya Bone pada tahun 1964. Pada tahun 1967, lembaga ini berubah status menjadi Perguruan Tinggi Negeri dengan Fakultas Syariah Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Alauddin Makassar di Watampone sebagai kelas filial dari Fakultas Syariah IAIN Alauddin Makassar berdasarkan Surat Keputusan Rektor IAIN Ujung Pandang Nomor 14 Tahun 1967 tertanggal 14 Juli 1967.

Setahun kemudian, tepatnya tahun 1968, statusnya berubah menjadi Fakultas Syariah Cabang IAIN Alauddin Makassar berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 166 Tahun 1968, dengan pengkhususan menyelenggarakan program Sarjana Muda.

Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 56 Tahun 1982, fakultas ini kembali berubah status menjadi Fakultas Madya Cabang Alauddin Makassar dengan program pendidikan tingkat Sarjana. Seiring perkembangan politik dan sistem pemerintahan, pada tahun 1997 fakultas ini bertransformasi menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Watampone berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 11 Tahun 1997 tertanggal 21 Maret 1997.

Sejak berdiri tahun 1966 hingga 1997, lembaga ini telah menunjukkan kemajuan yang signifikan dengan dukungan tenaga pengajar profesional, tenaga teknis terampil, serta sarana dan prasarana yang terus berkembang sehingga mampu bersaing dengan perguruan tinggi lainnya.